Ghost in the Shellin pääosassa on huippuyksikkö Osasto 9:ää johtava kyborgi Majuri. Vaarallisimpien rikollisten ja ekstremistien pysäyttämiseen erikoistunut Osasto 9 kohtaa vihollisen, jonka ainoa tavoite on keinoälyrobotteja valmistavan Hanka Roboticsin kyberteknologisten saavutusten tuhoaminen.